E抗原阴性慢性乙型肝炎又被称为活动性“小三阳”慢性乙肝。一般都由发病多年的e抗原阳性慢性乙型肝炎病例转变而来。病毒在与人体免疫系统的长期“斗争”中，为逃避免疫清除，发展了前C区或C启动子的变异。这种变异的病毒不易被免疫系统识别，更难清除。
慢性乙肝病毒感染可在血清
一般来讲，界定E抗原阴性乙肝是表面抗原阳性、而e抗原阴性、e抗体阴性或者阳性，此种状态超过6个月；病毒持续复制，血清乙肝病毒水平高于1×103拷贝/毫升（也有观点认为血清乙肝病毒水平高于1×104拷贝/毫升）。病变长期活动，转氨酶大于正常值的1.5倍以上，可以持续升高或间歇性波动。
e抗原阴性慢性乙型肝炎应如何治疗？
不能满足于肝功能的一时“正常”，保肝降酶药物只能是暂时的辅助措施，归根结底必需抗病毒治疗。
当前只有两大类抗病毒药物：干扰素α（包括普通干扰素聚乙二醇化干扰素，俗称长效干扰素）和核苷类似物。一年的治疗应答率不低，关键的问题是容易复发，持续效应率较低；这就需要选择治疗方案时更要有针对性。
对于慢性乙肝，核苷类似物需要较长期维持治疗，不能随意停药，随意停药可能会发生停药后的病情急性加重。干扰素治疗一个疗程后也会有病人复发，但复发后仍可再次治疗。
e抗原阴性慢性乙型肝炎的特点是病情反复发作,最终可能发生肝硬化、肝衰竭、甚至肝癌。因此,有针对性的进行随访以及时发现活动性病变是十分必要的。处于静止期的乙肝患者也有发作的可能，都需要定期检查肝功、病毒水平，配合医生有必要的时候进行肝穿刺活检。