很多数患有男性生殖器疱疹的病人，都合并有包皮过长。
在医学上，把包皮覆盖住全部阴茎头和尿道口，但包皮仍可上翻的现象称为包皮过长。包皮过长者，易在包皮下积聚由皮脂腺分泌和上皮细胞脱屑组成的包皮垢，包皮垢可以引起局部感染，反复多次则会导致局部抵抗力的降低，成为疱疹病毒入侵的“温床”。
引发生殖器疱疹的病原体，主要是 II型单纯疱疹病毒，这类病毒尤其喜好温暖潮湿的环境，所以一般多发生于男性的龟头、包皮、冠状沟等部位。
因此对生殖器疱疹患者施行包皮环切术，既切除了受单纯疱疹病毒感染的包皮，又纠正了过长包皮，达到了治疗的目的。当然，再结合抗疱疹病毒药物治疗，效果会更理想。