典型的尖锐湿疣一般不需作实验室检查即可作出诊断。当患者症状不典型，部位不典型，特别是妇女，其阴道口可有类似于尖锐湿疣的假性湿疣，需作实验室检查以明确诊断。
常用的实验室检查有如下的方法：
(1)细胞学检查 取阴道、子宫颈等部位的湿疣组织作成涂片，作帕氏染色。在涂片中可以见到两种细胞，一种细胞的核周围有晕环，它占据了细胞浆的大部分，而将细胞浆压缩到边缘呈浓缩状，此种细胞称为空泡化细胞，它来源于浅层的鳞状上皮细胞；另一种细胞称为角化不良细胞，可单个或成堆分布，胞浆呈橙红色至淡黄色，核小而致密。在尖锐湿疣病的的涂片中这两种细胞常可混合存在。
(2)组织病理变化 主要为角化不全，棘层高度肥厚，乳头瘤样增生。粒层和棘层上部细胞有明显的空泡形成。棘细胞基底细胞有相当数量之核分裂，颇似癌变，但细胞排裂规则，且增生上皮和真皮之间境界清楚。
(3)组织化学检查 取少量病损组织制成涂片，用特异性抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如果病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合，在用过氧化物酶抗过氧化物酶(PAP)方法中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
对尖锐湿疣的实验室检查，目前还很不成熟，组织学检查和组织病理检查都有一定的误诊率，需在条件好的医院检查。
扁平湿疣是二期梅毒的一种皮肤表现，常发生于阴部，肛门等处。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒侵犯人体引起的一种皮肤增殖反应，也是一种常见的性病。它们二者形态相似，鉴别诊断十分重要，否则治疗错误，延误治疗。